THE ROLE OF LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 1 (LRP1) IN CARDIAC REPAIR AND REGENERATIONGENERATING LRP1 KNOCKOUT ZEBRAFISH MODEL BY CRISPRCAS9 TECHNOLOGY. Masters thesis, King Fahd University of Petroleum and Minerals.

PDF (MSc thesis) Hossam Ahmed. organized master thesis.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only until 6 June 2025. Download (2MB)

Arabic Abstract

يعد فشل القلب، الناتج عن تجديد القلب المحدود بعد احتشاء عضلة القلب(MI (، سببًا رئيسيًا للمراضة والوفيات. وعلى النقيض من الثدييات، يُظهر سمك الزرد قدرة ملحوظة على تجديد القلب. ترتبط هذه القدرة على التجدد بالبالعم المقيمة التي تعبر عن مستقبل محدد 1Lrp( البروتين المرتبط بمستقبالت البروتين الدهني منخفض الكثافة 1(، والذي يتم تشفيره بشكل أساسي بواسطة جين ab1lrp استنادًا إلى ملف تعريف scRNAseq الذي تم نشره مؤخ ًرا، في حين أن وظيفته في تجديد القلب ال تزال غير واضحة. . للتحقيق في دور1Lrp ، نقوم بإنشاء حذف كبير وأليالت KO المشروطة لتقنية ab1lrp مقابل تقنية-CRISPR 9.Casبالنسبة للحذف الكبير، تم تصميم وتوليف اثنين من RNAs الدليلي الستهداف المروج و 1 exonومنع نسخ ab1lrp )متحول "أقل نسخة"(، مما يمنع التعويض الجيني المحتمل من التكيف النسخي. لقد تحققنا من صحة الحذف في األجنة المحقونة وأثارنا المؤسسين المحتملين. من أجل التعطيل المشروط، استهدفنا إدخال بالزميد UFlip في اإلنترون 2 في موضع .ab1lrp يحتوي هذا البالزميد على مواقع loxp التي تحيط بكاسيت مراسل الختطاف تعبير ab1lrp الداخلي على نشاط Cre الخاص باألنسجة أو الزماني. استخدمنا كالً من تعبير مراسل اإلدخال وتحليل PCR الوصلي لتأكيد التكامل الدقيق لشريط .UFlip باختصار، قمنا بإنشاء حذف كبير وطفرات KO مشروطة لكشف المتطلبات واآلليات الجزيئية الكامنة وراء المساهمات المحتملة لـ 1Lrp في تجديد القلب باإلضافة إلى قدرته على تعزيز تجديد القلب لدى المرضى من البشر كهدف عالجي محتمل.

English Abstract

Heart failure, resulting from limited cardiac regeneration following myocardial infarction (MI), is a major cause of morbidity and mortality. In contrast to mammals, zebrafish exhibit a remarkable capacity for heart regeneration. This regenerative ability is associated with the resident macrophages expressing specific receptor Lrp1(low-density lipoprotein receptor-related protein 1), which is mainly encoded by the lrp1ab gene based on our recently published scRNAseq profiling, while its function in heart regeneration is still unclear. To investigate the role of Lrp1, we generate large deletion and conditional KO alleles of lrp1ab vis CRISPR-Cas9 technology. For large deletion, two guide RNAs were designed and synthesized to target the promoter and exon 1 and block the transcription of lrp1ab (“transcript-less” mutant), preventing potential genetic compensation from transcriptional adaptation. We have validated the deletion in injected embryos and raised potential founders. For conditional inactivation, we targeted insert a UFlip plasmid into the intron 2of the lrp1ab locus. This plasmid contains loxp sites flanking a reporter cassette to hijack endogenous lrp1ab expression upon tissue-specific or temporal-specific Cre activity. We used both insertional reporter expression and junctional PCR analysis to confirm the precision integration of the UFlip cassette. In summary, we generated large deletion and conditional KO mutants to unravel the requirement and the molecular mechanisms underlying the potential contributions of Lrp1 in heart regeneration as well as its potential for enhancing heart regeneration in human patients as a potential therapeutic target.

Item Type:	Thesis (Masters)
Subjects:	General
Department:	College of Chemicals and Materials > Bioengineering
Committee Advisor:	Khalil, Amjad
Committee Co-Advisor:	Lai, Shih-Lei
Committee Members:	Nzila, Alexis and Ahmad, Irshad and Dowaidar, Moataz
Depositing User:	HOSSAM AHMED (g202113370)
Date Deposited:	09 Jun 2024 10:51
Last Modified:	09 Jun 2024 10:51
URI:	http://eprints.kfupm.edu.sa/id/eprint/142945